十九世紀(jì)六十年代中期，新疆各族民眾在西北回民起義的影響下，發(fā)動(dòng)了反清起義。一些封建主和宗教上層分子便利用反清浪潮，稱(chēng)霸一方，形成了好幾個(gè)割據(jù)勢(shì)力。占據(jù)南疆的民族敗類(lèi)金相印，為了能夠取勝，竟向原來(lái)藩屬中國(guó)的中亞浩罕汗國(guó)求援。汗國(guó)的軍事頭目阿古柏趁機(jī)出兵，占領(lǐng)了喀什噶爾、英吉沙、莎車(chē)等地方，后來(lái)干脆自立為王，建立了一個(gè)名為“哲德沙爾”的汗國(guó)，想把新疆從中國(guó)的版圖上分裂出去。
這時(shí)候，正在中亞爭(zhēng)奪霸權(quán)的英國(guó)人和俄國(guó)人，都一眼看中了阿古柏，想把他搶到手，作為肢解新疆領(lǐng)土的工具。特別是俄國(guó)的沙皇，他不但明目張膽地支持阿古柏叛亂政權(quán)，而且在公元1871年打著代中國(guó)“收復(fù)”領(lǐng)土的幌子，居然出兵占領(lǐng)伊犁，甚至還自說(shuō)自話(huà)地把伊犁劃為俄國(guó)的領(lǐng)土。
西北邊防危機(jī)重重，迫在眉睫!全國(guó)民眾紛紛要求出兵，收復(fù)新疆?？墒?，在清廷內(nèi)部，卻對(duì)要不要收復(fù)新疆產(chǎn)生了不同看法。北洋大臣李鴻章竭力反對(duì)，他說(shuō)：“新疆地方大，人又少，每年要花去三百多萬(wàn)銀兩的軍費(fèi)。用這么一大筆錢(qián)去換幾千里的貧瘠土地，實(shí)在是劃不來(lái)。再說(shuō)了，與俄國(guó)人打仗，我們幾乎沒(méi)有贏的可能。”
但是，陜甘總督左宗棠堅(jiān)決主張出兵收復(fù)新疆，他據(jù)理力爭(zhēng)道：“新疆是中國(guó)的西北門(mén)戶(hù)，如果我們放棄了，那么，非但甘肅、陜西有麻煩，而且蒙古、山西從此也將不得安寧，就連北京城將來(lái)也會(huì)受到很大的威脅。”
他恐怕別人說(shuō)自己貪功，所以又特別強(qiáng)調(diào)說(shuō)：“我是一介書(shū)生，高官和厚祿，我連做夢(mèng)也沒(méi)想過(guò)，難道會(huì)有立功邊疆，望得大恩的打算嗎?更何況我已經(jīng)是快要入土的人了，又怎么能夠不自量力，搶挑收復(fù)失地的重?fù)?dān)呢?只是我考慮到，新疆如果不收回，就會(huì)麻煩不斷，后患無(wú)窮，這點(diǎn)報(bào)國(guó)忠心，不敢不盡啊!”
經(jīng)過(guò)激烈的爭(zhēng)論，朝廷最后接受了左宗棠出兵收復(fù)新疆的意見(jiàn)，并在公元1875年5月任命他為欽差大臣，負(fù)責(zé)新疆軍務(wù)的統(tǒng)一指揮。這時(shí)候，左宗棠已是六十五歲的老人了，但是他仍不顧年老體弱，親自出征。
新疆以天山為界，分為南疆和北疆。左宗棠為了速戰(zhàn)速?zèng)Q，采取了先圍攻北疆，再出兵南疆的策略；而圍攻北疆的時(shí)候，又集中兵力，首先拿下烏魯木齊。在他的指揮下，西征軍立即向?yàn)豸斈君R挺進(jìn)。
守衛(wèi)烏魯木齊的，是投靠阿古柏的叛將白彥虎。清軍的先頭部隊(duì)趁夜發(fā)動(dòng)猛攻，一舉占領(lǐng)了烏魯木齊的外圍據(jù)點(diǎn)古牧地。阿古柏知道消息后，連忙派兵增援。經(jīng)過(guò)三個(gè)多月的激戰(zhàn)，清軍最終打敗阿古柏的援兵，收復(fù)了烏魯木齊，還一口氣攻克了昌吉、呼圖壁、瑪納斯等地。白彥虎慌忙敗逃南疆。
隨后，左宗棠馬不停蹄，向盤(pán)踞南疆的阿古柏軍隊(duì)發(fā)起總攻。清軍只花了半個(gè)月的工夫，就突破了阿古柏設(shè)置的一道道防線(xiàn)，連續(xù)攻克達(dá)坂、鄯善、吐魯番、托克遜，消滅敵人一萬(wàn)多。
英國(guó)人見(jiàn)勢(shì)不妙，耍起“調(diào)停”花招，想讓喀什噶爾變成保護(hù)國(guó)，并通過(guò)清政府向左宗棠施加壓力。左宗棠不予理睬，繼續(xù)追擊殘敵，阿古柏被打得東躲西藏，最后服毒自殺。他的兒子伯克胡里帶殘兵敗將逃到俄國(guó)境內(nèi)。
就這樣，左宗棠前后只用了一年半的時(shí)間，就收復(fù)了除伊犁以外的新疆全部領(lǐng)土。
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